Veja aqui as principais características dos sistemas Windows e Linux:

Não existe relação do sistema operacional do cliente (visualizador do website) com o sistema operacional do servidor.

Por que Linux?

• Robusto
• Confiável
• Mais Rápido
• Suporta aplicações mais pesadas
• Banco de dados MYSQL e Postgres
• Não existe necessidade de utilização de componentes para envio de e-mail.
• Painel de controle completo, de fácil utilização e em português.
• Extensões FrontPage

Por que Windows?

• Suporte a ASP
• Rápido
• Componentes mais comuns
• Bancos de dados MYSQL e Mdb (Access)
• Painel de controle completo, de fácil utilização e em português
• Extensões FrontPage